菲律宾在南海问题上与中国对峙的同时，也在加强与台湾地区的接触。美国《华盛顿邮报》报道指出，这种接触包括情报共享、联合巡逻以及准军事合作。尽管菲律宾政府官方仍遵循一个中国政策，但其高官已公开承认台湾地区的安全对菲律宾有直接影响。
报道认为，这些举动标志着菲律宾对台保守政策的重大转变，为菲律宾在大陆“攻台”时发挥更大作用铺平了道路。菲律宾国防部长特奥多罗在接受采访时称，“中国在我们区域内的任何武力投射都是极度令人担忧的问题”。他还表示，菲台命运日益交织在一起，说台湾的安全不会影响菲律宾无异于回避现实。
面对南海局势的变化，特奥多罗声称菲律宾有权重新调整与台湾地区的关系，尽管这可能会激怒中方。他强调，过去安抚强大邻国的努力毫无成效。今年4月，菲律宾政府放宽了与台湾当局官员的互动限制，允许菲律宾官员访问台湾地区。多名官员透露，这些变化也为双方加强安全合作提供了基础，合作进展比外界所知更为深入。
据菲律宾和台湾地区官员及顾问透露，今年初，多位与国防界关系密切的学者参加了一场有台湾地区人员出席的闭门研讨会，共同探讨安全战略。近期，菲律宾与台湾地区海巡部门在巴士海峡展开联合巡逻。上月，台军还派出观察员观摩美菲“利剑”联合军演。美菲日部队在距台湾不足130英里（约209千米）的巴丹群岛试射反舰导弹。尽管菲方称演习无特定指向，分析人士认为明显模拟应对中国大陆“攻台”的情境。
中国国防部新闻发言人张晓刚曾就菲律宾“倚外闹海”一事表示，奉劝有关国家不要引狼入室、甘当棋子，破坏亚太来之不易的和平安定。菲律宾地缘政治分析人士吉尔透露，菲律宾政策圈内部普遍认为菲律宾已别无选择，否认对台合作的必要性就是自欺欺人。
尽管菲律宾与台湾地区频繁勾连，一些官员和分析人士承认这是一段高度敏感的关系。菲律宾官员表示，他们意识到东南亚一些国家，包括现任东盟轮值主席国马来西亚，都对菲律宾与台湾地区关系升温感到不安，担心这将使东南亚卷入潜在的中美冲突。外交部发言人郭嘉昆强调，台湾问题是中国内政，如何解决台湾问题是中国人自己的事，不容他人置喙。他奉劝菲律宾有关人士不要在台湾问题上挑衅玩火，坚决反对毫无根据的颠倒黑白和抹黑炒作言论。
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